朱由检搞死魏忠贤后，开始清算阉党。
此时的明朝中央政府机构中，遍布魏忠贤的死党，甚至一批魏党人物以弹劾魏忠贤的功臣自居，以图混淆视听。
为此，朱由检觉得清算魏党的战斗刻不容缓。
他先后任命曹师稷、颜继祖、宗鸣梧、瞿式耜等人为给事中，任命吴焕、叶成章、任赞化等人为御史，以纠弹魏党为职责，掀起一场大规模的清算风潮。
从天启七年，公元1627年十一月至崇祯二年，公元1629年三月，清查阉党逆案的罗网撒开。
除首逆魏忠贤、客氏之外，共列七类：首逆同谋六人，结交近侍十九人，结交近侍减等十一人，逆孽军犯三十五人，谄附拥戴军犯十五人，结交近侍又次等一百二十八人，祠颂四十四人，共计二百五十八人，分别定罪处置。与此同时，朱由检下令拆毁各地为魏忠贤建造的祠堂，规定宫中内监不得擅自出京，并要求各地镇守的太监立即办理移交手续，火速返回京城。
在定阉党逆案的同时，崇祯帝逐步展开平反昭雪活动，为一些受阉党迫害的东林党人恢复名誉。从理论上讲，褒扬正义，铲除邪恶，朱由检都一一做到了。
他除恶扬善，求的是上下齐心，一心向善。然而，阉党和东林党的斗争，也让朱由检品尝到了政治的苦涩。
阉党和东林党的斗争由来已久，用清初士人的话来说，东林未必都君子，而阉党未必皆小人也，所谓的清除邪恶一方，褒扬良善一方也只能是相对而已。
两党之间的明争暗斗一直持续到清朝统治初年，一心整饬朝纲的朱由检就此陷入了一场永无休止的战争之中。
明朝自万历以来，党争不断，东林与宣党、昆党、齐党、楚党、浙党之间互相攻击，终于导致天启年间阉党专政的局面。
朱由检即位之后的首要举措就是清算阉党， 但这只能说是第一步，进一步消除党争是更加令人头疼的大事。
他清理完阉党之后，开始了他的勤政廉政。
朱由检勤政到什么程度呢？
有一次，他去慈宁宫拜见宫中最有威望的刘太妃时，竟然坐着睡着了。
刘太妃命人拿来锦被给朱由检盖上。
朱由检醒来后，苦涩地说，为处理公文，召见群臣他很少能休息，已经两夜未眠，说罢与刘太妃相对落泪。
朱由检白天在文华殿批阅奏章，接见群臣，晚上则在乾清宫看奏章，遇到军情紧急时便连续几昼夜不能休息。
明朝自太祖朱元璋以来，像朱由检这样勤政的君主，真是罕见的勤政之君！
他除了照例应免日期之外，每日视朝，并参加日讲和经筵。
一日，他参加日讲时，由于疲惫不堪，随意把脚放到台楞之上。
这时，日讲官文震孟正好讲到《尚书》中“为上者奈何不敬”一句，便抬眼注视皇上翘起的脚。
朱由检不好意思地以袍袖遮掩，把脚徐徐放下。
可见，他对日讲也是认真对待，并非敷衍了事。
他自上任伊始，发出“文官不爱钱”的号召。在随后的日子里，他一直以身作则：当政17年，宫中没有进行任何营建，吃穿俱不讲究。
朱元璋的后代，如果遗传朱元璋基因的，就英明神武的同时，还手段残忍；而遗传马皇后基因的，则仁慈爱人。
朱由检，此时的朱由检，应该是遗传了马皇后的基因。
朱由检虽然勤政，自己也节俭，但是，他所面对的是个烂摊子，外部要面对后金的进攻，内部要面对百姓的生活艰难，至于朝廷里面，又要面对党争。
他为了解决第一个难题，那就是后金的进攻，决定启用击败过后金的袁崇焕。
这个决定，将是他这辈子最后悔的决定。
袁崇辞职之后，在老家数星星还没一年的时间，就得以重新被启用，被任命为兵部尚书兼任右副都御史，不久，任命为督师蓟辽、兼督登莱、天津军务。
袁崇焕返回京城，向皇帝上疏陈述兵事。
朱由检于平台召见袁崇焕，问袁崇焕将怎么做。
袁崇焕声称自己可以五年复辽！也就是说，他五年之内，将击败后金！
朱由检对此大加赞赏。
给事中许誉卿私下问袁崇焕复辽的策略。
袁崇焕却说是用这种话安慰皇上！
许誉卿严肃地说：“皇上英明，怎麽可以随便应对。他日按照期限追求成效，你该怎麽办？”
袁崇焕也觉得自己失言了，于是上奏说：“五年复辽的计划不容易完成，陛下既然委托给臣，臣怎麽敢推辞这艰难的任务。但是五年内，户部转运军饷，工部供应器械，吏部用人，兵部调兵选将，必须朝廷内外事事配合，才能有所成功。”
朱由检知道疑人不用，用人不疑的道理，当下让四部的臣按照袁崇焕的话办。
袁崇焕害怕自己去往边关以后，朝廷中难免有人会再次诽谤自己，于是将此事告诉朱由检。
朱由检在大学士刘鸿训等人的建议下，收回王之臣、满桂的尚方宝剑，将其赐给袁崇焕。
鉴于此前熊廷弼、孙承宗都因为受到排挤陷害，使自己的意愿难以舒展，袁崇焕于是又上书说：“恢复辽地的计策，不外乎臣往年所提出的以辽人守辽土，以辽土养辽人，防守是正规的策略，攻战是变通的策略，和议是辅助策略的说法。执法在循序渐进而不在突变猛进，在追求实效而不在贪图虚名。这是臣与诸边防官员所能做到的。至於选择用人的入，与被人用的人，都是皇上掌握其中的关键。怎麽才能用人而不三心二意，相信而不怀疑？因为驾驭边防大臣与朝廷大臣不同，军中可惊可疑的事特别多，只应当谈论成败的大局，不必摘取一言一行的细小过失。事情的责任既然重大，招致怨恨实在多。各种有利於边疆的事情，都是不利於自身的。况且谋取敌人急，敌人亦从而离间，因此作边疆的大臣很难。陛下爱护臣了解臣，臣何必过於疑虑惧怕，但心中有所危惧，不敢不告诉。”
朱由检发优诏答覆袁崇焕，并赏赐蟒袍玉带、银币。
可以这样说，朱由检把大筹码都押在了袁崇焕的身上，期待着他击败后金！