怯薛和侍卫亲军虽然都是中央宿卫军队，但在职能上有明确分工。怯薛负责皇帝的安全，掌管宫城和斡耳朵的防卫，一般不外出作战。侍工亲军则既要负责元朝两个都城大都和上都的安全以及“腹里”地区的屯守，又是朝廷用以“居重驭轻”的常备精锐部队，随时可以派出去作战。
隶属关系上二者亦不相同。怯薛由怯薛长掌管，直接听命于皇帝。侍卫亲军由各卫都指挥使司掌管，除东宫、后宫卫军外，均隶属于专掌军政的枢密院之下。兵员征集上的差异也很明显。怯薛成员主要来自蒙古各部，侍卫亲军士兵则不仅来自中原、江南的汉军、探马赤军和新附军，原来附籍在蒙古军中的色目人和流亡的蒙古子女等，亦是重要来源。
按照元廷的规定，充当侍卫亲军的必须是精锐士兵，总人数在二十万至三十万之间，其中汉人士兵约占三分之二。因此侍卫亲军成为元军的中坚力量，取代了蒙古国时期怯薛作为全军“大中军”的军事地位。但是随着大宋的灭亡及大规模战事的结束，侍卫亲军的军事职能也随之减弱。
所以侍卫亲军的职能除了保卫京师、参加重要战事外，又多了项屯田的工作。而侍卫亲军的屯田声势浩大，在元帝国很多地区都有，其中侍卫亲军在两都之间的屯田很重要，规模也很大，朝廷为其拨发牛、种、农具，设立屯田官管理，进行水利设施建设，可奇怪的是效益却不好，不但无法满足各卫军储供给，还时常需中央的赈济，拨付部分军饷。
国家给付生产工具，又有大量的廉价的劳动力，可收入不够支出，放在今天人眼里绝对是不可思议的，但曾在西北统军的玉昔帖木儿十分清楚其中的门道。蒙古在成吉思汗时期就确立了军政合一的千户制，属民战时上马为兵，平日下马为民。千户制的好处很多，而最重要的却是省钱，国家平日无需出钱养兵，战时士兵也是自带武器、马匹、装备，基本上没有投入，可以节约大量的国家资金，缓解财政压力。
在元朝建立后，忽必烈虽然对军制进行了革新，可依然沿袭了这种制度，形成了新的军户制。蒙古军作为国家的精锐，在大规模战事结束后，大部分返回草原，遇到战事，依然是传檄召集，拉出来作战。组建侍卫亲军基本使用了两种不同的方式。
一种是根据军事或者政治的需要，由朝廷下令在指定军队内选调精锐士兵，集中到京城，编组成侍卫亲军；这里面也包括从原有的卫军组织中分编出新卫的建置。汉人卫军和蒙古卫军的编组多采用此种方式；另一种是皇帝授权给某个有功之臣，由他来征集同族人或同类人，编组成新的卫军；色目卫军的组建多采用这种方式。
前一种方式显然是受到中原传统军事制度的影响，在中原立国的王朝大多从地方选军入卫京师。后一种方式则是受到早期蒙古军事制度的影响，用编组蒙古千户的形式编组侍卫亲军，有功之臣可以自己征集下属并实施管理。
但是由于侍卫亲军中编入了大量的汉军，难以如蒙古等游牧民族一样的生存方式，需要大量的粮草补给和挣钱养家，所以需要‘养’，朝廷便制定了相关政策发放军饷，还有临时补贴、战时津贴和战功奖励。比如“出差”，像押运饷银、抓捕逃犯之类的，都算“出差”，就有的补贴，官兵有红白喜事也有国家补助，战时津贴则包括开拔前后给的行装费、盐菜口粮等杂项，打仗的时候，士兵的收入可以达到平时收入的数倍左右。
这一切在玉昔帖木儿来看，朝廷的整个行为逻辑从根本上讲，其实并没有把侍卫亲军当‘兵’来养，而是当做‘看家狗’看待，平时喂剩饭，战时扔骨头，再对奸淫掳掠睁一只眼闭一只眼，就能对付天下的‘乱民’了，至于说国防，那是不必考虑的，反正天朝有一副庞然巨兽的大架子，一般人还真不敢挑战它。而国家也不会掏钱白养着，那么就让他们屯田实现自给，以便废物利用。
而玉昔帖木儿却看得很清，，任何一个政治集团都存在内部的分层，上层贵族由于拥有诸多政治、经济特权可以有效变现。侍卫亲军中同样如此，作为统治阶层的蒙古人和特权阶层的色目人可以恣意妄为，夺占屯田、侵占公产，奴役手下的官兵。而侍卫亲军的底层汉军官兵，在朝廷军户制的约束下无力脱身，在上层的剥削下日渐贫困。
都说‘学好一辈子，学坏只需三天’，蒙古人在大规模战争结束后，走向安定后，迅速腐化堕落，克扣军饷、喝兵血这些把戏可以说是无师自通，此外还有‘国家认可’的合法克扣等手段。他们可以养马为名，要求全体官兵‘众筹’，每月按照额定数目扣除。这项银两存储营中，以备买马之用。买补马匹余剩款项，年终报兵部核明，送户部充饷。
另外按照当时的历法，岁有闰月，也就是说有时一年会有十三个月的现象出现，那么就要多发一个月的军饷，可朝廷觉得这样按月发工资就亏了，于是便让让军官和士兵拿出自己的工资来“买保险”……换句话说，国家无论一年几个月，只发事儿个月工资……这真不是一般的教条和“节俭”了。
如果这些算是‘合法’的国家克扣，侍卫亲军的官兵还要面临各级将领们的克扣，这部分就是违法的，可也最是根深蒂固的，办法还很多。比如在将领在本部队放债，直接扣发军饷还本付息，还有假冒填补军械而扣士兵工资来尽义务，还有各种迎来送往和办公费用摊派到士兵军饷里克扣，这种手法可谓与彼时的大宋如出一辙。
此外还有更奇葩的方法。当兵就要搞军事训练，这是谁都知道的，而这部分钱也是应当由国家支付的。但是军官们却要将日常训练中所耗费的箭矢钱，从士兵的军饷中扣除。在这种制度下，士兵怎么愿意训练？怎么敢训练？多放几箭，半个月饭钱没了。
而对于侍卫亲军的军事训练，作为征战主力，为保证战斗力，初时朝廷自上而下还是十分重视的，专门订立训练制度，勤加训练。除了各部单独训练之外，还要集中操练，参加大汗每年举行的围猎。可随着战事的减少转入屯田，军官们当然希望减少训练，以将更多的时间用于生产，以增加产量。
上面不重视，下边便愈加敷衍，所演阵图，则年年皆循旧式，毫无改进，相沿旧样，平时校阅，虽属可观，临敌打仗，竟无实用。骑射这些看家本领也为图省力，已不奋力训练，在各营演试之时，明知所习非所用，不免视同具文，饰观塞责。
玉昔帖木儿相信不仅自己知道侍卫亲军战斗力严重退化，上面也并非不知。而依然视而不见的‘纵容’其堕落成这幅德行，一方面是训练本身的问题。另一方面还是来自于朝廷对这支军队的定位，在大多数人眼中，蒙古军才是国家的支柱，征战的主力，战无不胜的保证。
侍卫亲军尽管人数众多，也只是扈从军，只能从事屯田，承担护送银饷、押解犯人、解送钱粮、缉捕盗贼、缉查走私、守护、察奸、承催等等差役。而作为异族为主力的部队，在蒙古人内心依然是不放心的，尤其是支战斗力强盛的武装力量，暗中不得不防，甚至作为大汗亲卫的亲军也是禁止带弓上岗的。因而对他们战斗力的减弱，反而是乐见其成。
既然上下皆是如此，侍卫亲军经过十多年的‘调教’，也如他们所愿，当下三十万大军真正进行军事训练，拉出去还能打打仗的，可能十不存一，只能不断零散抽调，短期合营训练。在朝廷财力充裕时，这种野战军的战斗力还能对付一下“治安战”，等到朝廷财力窘迫时，就是一群毫无训练的“叫花子”跌跌撞撞地上战场。
实际上，这种情况已经发生，在失去江南后，元朝的财政状况已经极度恶化，发放给侍卫亲军的补贴日益减少。给付的军饷过去还能达到六、七成，如今连半数都难以达到。而随着朝廷进行钩考，状况更为恶化，军官们加大压榨力度，以填补亏空。而币制改革更是雪上加霜，新发现的元治钞与旧的至元钞按照一比五进行兑换，使本就贫苦的侍卫亲军兵丁家庭趋于破产。
据玉昔帖木儿所知，侍卫亲军的兵丁合法收入根本比不上普通的自耕农，连佃农的收入水平都达不到，“合法”生活水平近似于乞丐，想要稍加改善就不得不完全走向“违法”的流氓之路，乞丐、流氓，名之为兵，所以其家庭生活只能靠着各种非法收入才能贴补。在此条件下，无论是军事技能还是军人自尊全部荡然无存，实则如市人，可谓无纪律，无赏罚，见贼即走。
当下众将请求朝廷派侍卫亲军助战，知道实情的玉昔帖木儿当然不愿意，其到来参战不仅要按惯例地方提供粮草和军饷，还要支付作战补贴，朝廷是不负担的。而此时地主也没有余粮，让这些万户们出钱肯定是八百个不愿意；另外这些已经穷的活不下去的侍卫亲军来到还嫌富裕的两淮地区，肯定要设法进行改善，这对地方来说无异于一场灾难。
想到如此种种，玉昔帖木儿断然拒绝了众将的提议，决定还是靠自己的力量来完成作战计划。他以为只要自己计划周密，就能够将风险降到最低。而自己的计划一旦成功，不但能迫使南朝军队退兵，还能获得巨大的利益，缓解自己面临的困境。若是能生擒南朝小皇帝，或是攻克临安，那么自己将立下不世之功。
当然玉昔帖木儿也知道自己所面临的战败风险，但当下两淮地区在南朝不断派兵袭扰下，沿江农业生产受到极大的影响，粮食歉收，税赋减少。可朝廷不但没有减免，还增加了税赋。为了解决眼前的困境，他不能不通过发动战争来绑架朝廷，以度过难关，逃避钩考之难，缓解行省的财政困难。
两厢对比之下，玉昔帖木儿觉得渡江南侵所面临的风险还是值得的，谁让自己穷呢！所以尽快众将反对声不断，他还是孤掷一注的决定执行既定的作战计划，集中主力过江。当然作为预备手段，他也下令动员起各部的渐丁军作为预备队，防守要点，以备宋军攻克扬州直驱腹地的最坏情况发生……
…………
“陛下，事务局送来的最新情报！”寒夜中，行营御帐的帐门被掀开，谭飞带着一股寒气进入帐中禀告道。
“哦，有何变动？”由于御前办第一室主事应熙能力不足，赵昺只能将最为重要的情报工作转由谭飞代管，他听报后挥手让左右退下，让其上前回禀道。
“陛下，事务局河南站禀告屯驻于黄河以北的河南淮北都万户府的三个万人队已经移至淮南，近日向高邮方向移动集结；山东河北都万户府兵力也移驻高邮。他们判断近期蒙元方面将有大的行动，据他们探听的消息是要出援扬州，对我军进行合围。至于真实意图尚在打探之中！”谭飞禀告道。
“那你以为蒙元的进攻方向是哪里？”赵昺听了沉思片刻，反问谭飞道。
“陛下，属下以为蒙元若是救扬州无需宣扬，也不必集结如此大军。而据我军近日截获的蒙元信使供述，要求不惜代价固守城池的命令来看，他们的目标应该江南。”谭飞想想分析道……