在抑制官僚阶层壮大、整顿吏治、惩处贪腐的过程中，卢俊义并不快乐。
因为他知道，即使他能改变这个北宋末年水浒时空的官僚体制，却完全无可奈何另外一个时空的官僚体制。通过整治这个时空的官僚体制，他才明白那个时空的官僚阶层已经庞大到何种不可遏止的地步，他为留在那个时空的所有朋友感到无奈和失望，甚至绝望，希望那个时空的国家高层领导能够不负众望，痛下决心，实施彻底实行抑制官僚权力、消除变相荫补、推行官员家族财产公开申报、增强反腐机构权力独立性、限制官员吃喝和车马费的各项反腐措施，将反腐制度立法，而不是天天杀鸡儆猴雷声大雨点小而不做彻底根本的制度改革。
所谓天要下雨娘要嫁人，由他去吧，自己穿越到九百年前，就管不了九百年后的事情，做好自己能做的事情，即便粉身碎骨也不怕，只求能对得起自己一直火热的爱国之心。
卢俊义改革官僚体制的各项有力措施之所以在最后能够得到官僚阶层的妥协和部分认可，一方面要感谢卢俊义自身的努力，他早早就将所有的实际权力都掌握在手中。
通过连绵战争胜利和战功擢升，卢俊义已经牢牢地将所有禁卫军和警卫军都掌握在自己手心，不虞有些不开眼的官僚造反或叛变；他还创建了类似后世锦衣卫的情报总署，上万名特工隶属于他和心腹爱将石秀领导；他创建了由禁卫军精锐组成的侍卫队，上千名高手有他和他心腹爱将武松领导，不分昼夜高度警戒地保护着他这个元首的安全；他创建了以玄教为中心的宗教事务总署，有他做教尊，有公孙胜做大天师，上千名道术高手忠心耿耿；他创建了以复兴党为中心的党派事务总署，里面有经过他亲自灌输培养的如乐和等数千名宣传教育的参军分布在军中和民间，跟玄教教士一道鼓动影响着将士民众对卢俊义无条件的神化崇拜；而卢俊义吸取后世香港成功经验创建的廉政公署，有嫉恶如仇的周侗执掌，廉政公署的工作人员选取的都是贫民家庭甚至故意挑选的是那些被贪官污吏迫害的家庭出身的年轻人，他们视官吏贪腐为猛虎，正是官僚阶层的克星，很自然地成为卢俊义反腐倡廉的各项行动里面的第一把尖刀。而军队大部分将领都出身于非官僚家庭，石秀、武松、公孙胜和乐和等人也都是贫民家庭出身，他们对官僚本身就有一股敌视，再加上对卢俊义的赤诚忠心，他们执行起卢俊义的各项制度不遗余力，宣传、监视、调查、逮捕、审讯等各条战线上都布满了全身心效忠并彻底执行卢俊义各项指令的人员。
在这样强力弹压监控下，几乎所有的官僚都不敢擅动，有些干脆认命的官僚便前往廉政公署自首，将自己所有的赃物上交，结果卢俊义将这些官僚只下发到乡村做了一年屯民后便重新征用了这些官僚，卢俊义的宽宏大量也换取了这一批良知未泯官僚的忠心，剩下一部分坚持儒家思想执意等级统治和官僚专制统治的官僚渐渐受到卢俊义的冷落和弃用，就这样再过十年，这样的官僚几乎成了凤毛麟角，剩下的都是有特殊才能的。
政务院下面的司法部在立法时总有些袒护官僚阶层，各种制度转化成法律时总打了一些折扣。卢俊义便废除了司法部立法的职责，按照后世的制度，在元首府下面除了政务院和军务院外，又设立了四院，即议政院、议法院、最高法院和最高检察院。议政院监督政府工作，议法院监督立法和执法，议政院和议法院皆为民选，法院审判，检察院监察。貌似要搞立法权、行政权和司法权相互独立、互相制衡的三权分立制度，其实是形似神不似，议政院和议法院的权力并没有后世霉国那么大。立法权和司法权是用来限制以政务院为首的官僚阶层的，卢俊义既想通过他们治理国家也不想他们做大架空自己，便搞出了独立的立法权和司法权，保障民生的思想是有，但远不如巩固个人权力的思想大，其实在这个时代，一个独裁者下面搞三权分立其实是最有力于独裁统治的，因为免除了官僚集团对独裁者的架空。
议政院是由党派事务总署和廉政公署联合监督情况下的由民众自主举行的基层选举出来的参政议政的民间结构，由各个里选出两人，组成一个保的议政院，各个保选出两人组成一个社的议政院，监督社长、保长、里长的权力，随后以此类推，镇、县、州、道、国家各级都设立议政院。议政院内的成员称为议政员，首领称为议政长，议政员入选标准为遵守法纪诚实纳税且没有官吏亲属，严格核查议政员身份，应包含一半以上的自耕农、佃户、屯民、军人、工匠，另外包括一部分地主、商人和文人。议政长为各级议政员内部推选，齐国的宪法规定各级官员仅可在得到议政院的建议与认可后才能任命人事，各级官员的上任都须得该级别议政院认可。议政院可通过法律，授权行政部门不经议政院同意任命较次要的人事。通常来说，人事提名案是议政院最优先进行听证的主体，其他多种事宜如政府税收法案、与外国缔结的条约、财政制度和官员免除，都必须经过议政院审核。如此看来，卢俊义设立的议政院跟后世霉国的参议院并不是十分相像。
卢俊义设立的议法院不同于后世的众议院，此议法院亦可称为立法院，因为这纯粹是为了监督国家及地方立法和司法而成立的，但完全不同于后世台湾等地区的立法院。议法院也是由党派事务总署和廉政公署联合监督情况下，由民众自主举行的基层选举出来的提交立法和审核司法的民间结构，跟议政院不同的是，这个人数较少，是从社这个级别开始选举，到县一级别开始设立议法院，因为是从县一级才开始有权力建立适合地方的法律和条例。因为元首卢俊义授意由各级检察院负责最终立法，所以，县、州、道、国家各级议法院的职责为：提交法案草稿给各级检察院、审核批准或否决各级检察院根据草稿修缮的法案，审核批准或否决各级法院的判决。议法院内的成员称为议法员，首领称为议法长，议法员入选标准也为遵守法纪诚实纳税且没有官吏亲属，另外也应包含一半以上的自耕农、佃户、屯民、军人、工匠，另外包括一部分地主、商人和文人。议法长为各级议法员内部推选，齐国的宪法规定各级检察院的立法和各级法院的执法仅可在得到议法院的审核批准后才能生效。议法院可通过法律，授权各级检察院不经议法院同意处理较为次要的法案。所有个人和组织都有权通过议法院进行“法规提案”，由议法院进行审核后提交给各级检察院和上级议政院，议政院有权要求各级检察院在什么期限将法律制定出来，然后有权否决检察院创立的法案，有权将检察院创立的法案提交公议，有权否决各级法院的审判。
议政院和议法院都是五年一次选举，过程中如有违规者和过世者可进行补选。
卢俊义创立的最高法院和它下属的各级法院并没有后世的法律解释权，有审判权和侦查权，盖因卢俊义无意建立起后世的警察队伍，警卫军肩负起治安、侦查、城管、军屯、剿匪等诸多公务，是后世民警、狱警、法警、武警和精锐民兵的集成。各级警卫军统一由军务院委派的武官领导，会有一部分派出去协助法院、检察院、监狱、政府的各项武装活动，但隶属于军队领导，遵守军队的纪律，盖因卢俊义在没有统一全世界之前都想用军管政府。
法院在地方警卫军一部协助下，在刑事诉讼过程中侦查案件、收集犯罪证据、羁押犯罪嫌疑人，然后将整个侦破过程收集的证据如勘验检查笔录、询问笔录、讯问笔录等保存起来，将这些证据移送至同级检察院，检察院行使监督职能，对案卷审查，决定是否起诉，如不构成犯罪，或者证据不足，退回案卷由法院补充侦查，对事实清楚，证据充分的案件，检察院依法向法院提起诉讼，指控犯罪嫌疑人犯罪事实，最后法院依法开庭审理，在法庭审判过程中，由检察院举出犯罪嫌疑人犯罪的证据，法院对案件进行审判，进行量刑，同时犯罪人可以聘请状师为自己申诉，由检察院做公诉。在审判过程中检察院认为事实不清，证据不足的案件，可以申请法院允许退回法院或检察院补充侦查。如果指控犯罪的事实清楚，证据充分，法院依照刑法或其他法律作出判决，并交由上级司法部执行。如被告对判决不服，在法定期限内，可以提起上诉。对两审终审，判决确有错误的案件，由议法院提出，由上级法院或同级检察院可以启动审判监督程序，进行再审。
最高法院负责审判下列案件：属于它管辖或应当由最高法院审判的第一审案件，对各级地方和专门法院判决、裁定不服的上诉和抗诉案件，最高检察院按照审判监督程序提出的抗诉案件。杀人、强奸、抢劫、爆炸以及其他严重危害社会公共安全和社会治安判处死刑的案件的核准权，最高法院在必要时，可授权道一级法院行使。最高法院监督地方各级法院和专门法院的审判工作。最高法院对各级法院已经发生法律效力的判决、裁定，如果发现确有错误，有权提审或指令下级法院再审。最高法院对刑法分则没有明文规定的犯罪，在适用类推上，有核准权。最高法院对于在审判过程中如何具体应用法律等问题，进行解释。最高法院的工作原则为：平等原则，所有公民（卢俊义已经开始在北宋末年纳入公民这个概念）在法律面前一律平等，在适用法律上不允许有特权，不得有任何歧视；公开审判原则，各级法院审理案件，除涉及国家机密、个人隐私和未成年人犯罪案件外，一律公开进行；辩护原则，被告人依法有权委托他人或由自己，在审判过程中对案件事实的认定和材料证据进行辩解；合议制，所有案件都由一到三名审判员人以及十位议法员陪审组成合议庭，案件结果由法院审判员和议法员联合一起审判；回避制，如果当事人认为审判人员对本案有利害关系或者其他关系不能公正审判，有权请求审判人员回避，另一方面，如果审判人员认为自己与本案有利害关系或者其他关系，需要回避时，报告院长决定。最高法院有裴宣执掌。
最高检察院是最高检察和立法机关，主要任务是领导各级检察院和专门检察院根据各级议法院提交的法律草案制定最终的法律并根据后来变化情况作修改或坐司法解释，同时依法履行法律监督职能，保证国家法律的统一和正确实施。最高检察院的具体职责为，接受最高议法院的监督，每天都接受最高议法院的法律草案，每个月对最高议法院进行汇报，讲述每个法案草稿的可行性，对有可行性的法律草稿做修订和初稿拟定以及最后颁布；领导各级检察院和专门检察院的工作，确定检察工作方针，部署检察工作任务；依法对贪污案、贿赂案、侵犯公民民主权利案、渎职案以及认为需要自己依法直接受理的其他刑事案件进行侦查，领导地方各级检察院和专门检察院的侦查工作，其中对贪污、贿赂等方面需要配合廉政公署，以廉政公署为主；领导地方各级检察院和专门检察院对刑事和经济犯罪案件的审查批捕、起诉工作；领导地方各级检察院和专门检察院开展民事、经济审判和行政诉讼活动的法律监督工作；对地方各级法院、监所派出检察院依法对执行机关执行刑罚的活动和监管活动是否合法实行监督；对各级法院已经发生法律效力、确有错误的判决和裁定，依法向最高法院提起抗诉；对地方各级检察院和专门检察院在行使检察权作出的决定进行审查，纠正错误决定；受理公民控告、申诉和检举；对国家机关工作人员职务犯罪预防工作进行研究并提出职务犯罪的预防对策和检察建议；负责职务犯罪的法制宣传工作；协助廉政公署受理对贪污、贿赂等犯罪的举报，并领导全国检察机关的举报工作规划和指导全国检察机关的检察技术工作和物证检验、鉴定、审核工作；对于检察工作中具体应用法律的问题进行司法解释；制定有关检察工作的条例、细则和规定；主管涉外案件。
其中专门的法院和检察院多为警卫军、禁卫军或陆军、海军、市舶司等机构内部设置的法院和检察院，他们隶属于最高法院和最高检察院。
法院和检察院从政务院下属的总司法部里面独立出来以后，总司法部更名为司法部，其主要职责便改为：负责除军队外所有罪犯的刑罚执行工作；负责全国监狱管理工作并承担相应责任，监督管理刑罚执行、改造罪犯的工作；负责全国劳动教养管理工作并承担相应责任，指导、监督劳动教养的执行工作，指导、监督司法行政系统戒毒场所的管理工作；拟订全民普及法律常识规划并组织实施，指导各地方、各行业法制宣传、依法治理工作和对外法制宣传；负责指导监督律师（此时称之为状师）工作、公证工作并承担相应责任；监督管理全国的法律援助工作；指导、监督基层司法所建设和人民调解、社区矫正、基层法律服务和帮教安置工作；组织实施国家司法考试工作（将状师做为一门新鲜的职业升华扩大）；主管全国司法鉴定人和司法鉴定机构的登记管理工作；负责跟军务院做统一调配，调动部分警卫军做狱警和执法武装力量。司法部现在由杨雄执掌，由于卢俊义崇尚减少死刑代以终期劳改，所以司法部相当一部分关注点都在劳动教养管理方面，不过由于狱警都可以由地方警卫军充当，所以也没有很费人力。法院、检察院、司法机关到县一级为止，所有的立法、司法、执法都有县一级的相关结构执行，其中法院、检察院都隶属于上级法院和检察院，并不受地方政府管理，法院和检察院内部人员不能有亲属在本地做官，只有司法机关受地方政府领导。
跟后世最大不同在于，立法权的分立。制定法律的权力不是一开始在议会手上的，在不同时代和不同国家中，立法权不尽相同。在原始社会时代，法律一般是习惯法，由一个氏族内大家共同的习惯组成，大家共同遵守。在奴隶社会时代，法律已经成文，不同国家法律制定的权力也不同。独裁君主国家，立法权属于君主。在古代印度，则属于祭司阶层婆罗门，隶属于神权。古代雅典，立法权由奴隶主组成的议会共同决定。
在封建社会，立法权一般都掌握在君主手里。
到后世民主社会，各国的立法权一般都是掌握在议会，各国的议会制度也不相同。三权分立的国家，议会单独掌握立法权。议会除了具有立法权外，通常都具有运用税款的权力。两院制的议会制度国家，一般下院掌握最根本的赋税权，能以否决政府财政预算的方式控制税款的运用，卢俊义元首府下面的最高议政院也有同样的权力，不过卢俊义这个元首拥有对一切事物的肯定权和否定权，只不过他只对重大军国大事使用他的这个权力，大部分事情都有这些互相牵制的结构自行解决，有严重争议再交给卢俊义决定。
后世的霉国，立法权和行政权完全分离，互不干涉，互相牵制，各自单独选举，行政权首脑总统对立法有部分否决权，但如果经议会多数通过，总统无权干涉，经常有总统的反对派掌握议会多数的情况。在卢俊义这里绝对不会出现，政务院的首相是行政权的首脑，他会受到限制和否决，而卢俊义的权力则不受控制，除非所有人都反对他。
在后世的倭国，议会多数党首自动接管行政权，担任首相，所以行政和立法互相配合。要犯了错误，大家一起下台。
后世的荷兰，女王不仅是礼仪元首，尚掌握部分立法权，芬兰总统不仅是行政机构首脑，也掌握部分立法权，这是卢俊义日后努力的方向，他肯定自己的能力，却无法判断后代人的能力，所以在多年后肯定会消减一部分元首的能力，使得元首最大的作用是来平衡三权。
后世大部份国家的议会都可分为两院制或一院制两种。两院制的来源通常有两种：英国式或霉国式。英国式是源于英国国会建立初期，贵族和平民的利益无法平衡，于是设立由贵族组成的上议院和以平民组成的下议院以互相制衡。霉国国式是源于合并成美国的州份各有自己的渊源和文化，为避免人口多的州份侵害人口少的州份的利益，于是设立参议院，各州不论人口均派有两名代表，以平衡以人口比例分配的众议院。一院制的好处则是简单，实行的多是人口少的国家。
国家的立法、行政、司法三权分别由三个机关独立行使，并相互制衡的制度。三权分立制度是根据近代分权学说建立起来的。三权分立制度为绝大多数的资本主义国家所采用，是资本主义国家的国家机关组织与活动的基本制度。但因各国国情不同而有不同形式。
美国是实行三权分立制度的典型国家。美国宪法规定，立法权属于由参、众两院组成的合众国国会，行政权属于美国总统；司法权属于最高法院及国会随时制定与设立的下级法院。根据三种权力相互制衡的原则，美国宪法还规定，国会有权要求总统条陈政策以备审议，批准总统对外缔结的条约，建议和批准总统对其所属行政官员的任命，通过弹劾案撤换总统，有权建议和批准总统对联邦最高法院法官的任命，宣告惩治叛国罪，弹劾审判最高法院法官；总统对国会通过的法案拥有有限的否决权，副总统兼任议政院议长，总统还拥有特赦权、对最高法院法官的提名和任命权；最高法院法官在总统因弹劾案受审时担任审判庭主席。此外，根据惯例，最高法院有权解释法律，宣布国会制定的法律违宪无效。实行总统制的资本主义国家一般都采用这种形式。
霉国的三权分立制度会是卢俊义日后进行政治体制改革的一个参照，但并不是现在，也不是最终的目标，霉国这个制度只能是参考。