郑鸿魁所部水师，由于要进入长江作战，故船只相对要小，战船基本上是二号福船为主。
二号福船体形底尖上阔，船首昂起张开，尾部高耸，吃水约一丈有余，舰首备红夷炮一门、千斤佛郎机六门、碗口铳三门，迅雷炮约二十门，还有喷筒六十个，噜密铳十支，弩箭五百支，火药机弩约十余张，火箭三百余支，火砖一百余块，及其他刀枪剑戟千余。
二号福船，郑鸿魁手中约有百艘，其余海沧船、草撇船以及苍山船等小型战舰以及连环船差不多有一百五十艘，运兵沙船五十七艘。
这样的舰队规模，在长江上已经算是无敌的存在了，郑鸿魁在收到靖北军主力渡江的消息后，知道自己再呆在南都已经没有任何意义了，这个时候最佳的选择就是撤离八卦洲，顺江东下返回福建，要不然补给一断，那岂不是要饿着肚子退回去。
七月五日，八卦洲郑军水师拔锚启航，在次日汇合了司业洲留守施琅后，旋即向崇明岛，长江入海口方向撤离，郑鸿魁的算盘打的很精，他就是想依靠已方水师的速度优势，趁靖北军陆师尚未攻取苏松的时机，在崇明岛获的相当的粮秣和淡水补充。
七月十三日，郑军水师在经过江阴和苏州河后终于抵达位于长江入海口处的崇明岛。
熟料，崇明知县徐鼎以及因靖北军南下，逃奔崇明的淮河镇总兵张士仪、淮海镇总兵张鹏翼以及崇明副将施鸿仕等此前对郑鸿魁极尽奉承的南明官吏，居然对上岛索取粮秣的郑军闭门不纳，而且扣押了郑军使者。
“徐鼎这是想死吗？施琅、杨秋你二人速点陆师上岛，将徐鼎等人的人头给本将取来。”
郑鸿魁闻报大怒，郑家纵横东南沿海十余年，各地督抚哪个不卖郑家几分面子，现在一个小小的知县居然敢抗拒已方大军，当真是活腻味了。
“郑帅，崇明县城虽然不甚坚固，然张士仪等人手中犹有兵马三千余，为防有变，咱们还是要拆卸部分红夷大炮，要不然恐怕一时半会拿不下县城。”
施琅字尊侯，号琢公，福建省泉州府晋江县人，早年一直跟随郑芝龙行商，精通水战，在南洋不光和葡萄牙人和荷兰人交过手，而且和明朝福建水师也打过好些仗，在他看来，崇明县城虽然是土城，但郑军不善于陆战，若是没有火炮配合，根本没可能拿下崇明城。
郑鸿魁点头道：“施将军说的有理，这样，尔从船上拆卸二十门重炮，今日务必攻破崇明，本将要让徐鼎那老小子知道，我郑家不可轻辱。”
“郑帅，徐鼎前恭后倨，一反常态，是不是有所倚仗，末将以为咱们不得不防啊。”
杨秋是福建安平人，和郑芝龙乃是同乡，素有谋略，他虽然对郑军拿下崇明城没有怀疑，可徐鼎等人一反常态的行为却令他生出了疑惑。
郑鸿魁笑道：“杨兄弟多虑了，据本帅估计，徐鼎和张士仪等人是看到北军饮马长江，生出了首鼠两端的心思，崇明江面开阔，紧临大海，谁敢来捋我军水师的虎须。”
“是呀，咱们陆战虽然不是北军的对手，论海战，就是北军水师抵达长江口，咱们打他们还不跟玩一样吗？”
施琅哈哈大笑，郑家水师可不是吹出来的，而是在南洋和弗朗机人实实在在交过手的，强如弗朗机和荷兰水师，都在郑家水师面前折戟沉沙，就算北军水师抵达，他也有足够的信心一战而胜。
“那，施将军，咱们还是快些行动吧，迟则生变。”
郑鸿魁和施琅二人说的并无道理，杨秋也不好再坚持，只不过他还是有些担忧，故而改为要求速战速决。
郑鸿魁见诸将统一了意见，就开口数道：“传令下去，立即抢占崇明南信口，拆卸火炮。”
随着郑鸿魁军令，郑家水师立即转向，直奔南门港，其实崇明岛作为长江入海口的最大岛屿，可装卸物资的港口数不胜数，但只有南门港地理位置，水文条件最好，适合停泊大量船只。
而且南门港是一个凹字型的深水港码头，宽近二是里，凹入部有十余里，港内江面相对平稳，对郑军装卸火炮几乎没有影响。
徐鼎显然是怕了郑军，并没有分兵占据要冲，在南门港只部署了一个百户负责军情，见郑军浩大船队入港，仓促开了几炮，就吓得撤离了南门港。
郑鸿魁深恨徐鼎等人，在船队靠岸后，就是严令各部，立即生火造饭，待陆师好好休整一夜，就要直取崇明城。
当然他也没有托大，依然严格按造郑家水师的训练操典，在港口外派出了十艘哨船，由郑军水师百户林铭忠统领。
林铭忠对郑鸿魁的军令也是腹诽不已，派什么哨船？都到长江口了，有什么好怕的，合着你们都在陆地上休息，咱还要继续呆在船上巡逻，可官大一级压死人，郑鸿魁可是郑芝龙的弟弟，郑军中的三号人物，他除了暗暗咒骂几句，根本不敢不答应。
事实也和林铭忠预想的一样，郑军哨船沿长江巡查了十余里，也没有发现任何端倪，直到西边的太阳快要下山，郑军哨船才返回了南门港。
可出乎郑鸿魁和施琅意料的事还是发生了，次日卯时，正当郑军准备出兵之际，南门港外突然出现了一片黑色的风帆，然后无数艘战船出现在微微发泛白的天边，宛如一堵堵木城般向南门港方向，压了过来，看这支船队的意思，明显是要封锁南门港。
“有敌情……快……快向郑帅报急。
郑军战船上的观察哨，诧异看着缓缓逼近的黑线，再一次拿起手中的千里镜，观察过后，突然骇的歇歇底地嘶吼起来。
“铛……铛……铛……！”
观察哨下的传令兵也看到了越来越近、越来越大的黑线，在经过哨兵确认后，就是急匆匆地敲响了报警用的铜锣。
郑军水师训练有素，一艘船预警，其余的战船也是闻风而动，纷纷敲响了警钟，尤其是二号福船上的水手，在闻的警报后，已经杨起了风帆，炮兵也将成箱的炮子搬出了船舱，有条不紊地准备起来。
“什么……敌情，快，快跟老子上船，准备迎战！”
岸上刚准备誓师出征的郑鸿魁惊住了，因为哨船报警的时候，他就看到了江面上驶来的船队。