清军的水师完全溃散后，郑成功见大局已定，便让部将分头堵截企图逃跑的清军舰船，他本人则返回厦门港。刚才见到高崎方向出现烽火，郑成功心中有些不安，就急着想去询问到底发生了什么事情，为了以防万一，还派了一队船去高崎附近的海面巡逻。
等郑成功返回厦门港的时候，前去高崎的使者已经返回，立刻就向延平郡王报告了所见所闻。得知陈蟒已经获胜后，郑成功非常高兴，刚才他还有些担心已经登陆的清军可以向北方突围，然后通过北面的海峡逃回去一些，现在这最后一扇门也已经堵死了。
陈鹏投敌叛变，根据郑成功的规矩，应该是全族诛灭，本人乱箭射死。可使者告诉延平郡王，陈鹏手下的军队集体替他求情，希望延平郡王能够法外施恩。
“既然如此，那就从轻发落吧，不能寒了忠义之士的心。”郑成功很痛快地答道，这些部队没有跟着将领一起叛变让他心情大好：“陈鹏斩首，但不用悬挂营门了。”悬挂叛徒的首级是为了震慑潜在的叛徒，但陈鹏的手下显然都是可靠的志士：“处斩后，首级交给陈蟒，让他给收殓下葬吧，这样他和陈鹏也算是全始全终了。”
略一思索后，郑成功下令由陈蟒代替陈鹏的职务，统帅这支军队。
“陈蟒的妻子、兄弟皆不问，亲兵不管一开始是否附逆，一概赦免了。”
郑成功飞快的发布完命令，传令兵大声应是，带着延平郡王的决定再次赶往高崎。
“陈鹏真是跳梁小丑，”使者走后，郑成功身边的长子——郑经轻蔑地评价道：“竟然敢小看父王在军中的威信，真是自取灭亡！这都是父王的兵马，他一个人也休想拉走。”
听到延平世子的话语后，不少部将也纷纷表示赞同，郑成功微笑着接受了他们的祝贺，然后继续调兵遣将，争取尽快歼灭那些来不及撤退的登陆敌军。
等众将都领命而去后，郑成功的营帐内只剩下他们父子二人，郑成功这才纠正道：“你说的不对，陈蟒他们不从贼，固然有我的威信在内，但最关键的是，他们都是大明的赤子忠臣；不要说陈鹏，就是我想投降，他们都不会听从，而是会自行散去。”
“父王说的是，孩儿失言了。”郑经急忙点头称是。
“你是世子，在人前说话一定要注意分寸，不要让人有所误解。”郑成功感觉郑经并没有完全听进去，对军心也有一些误解，这让他有点担心。
……
东岸的清军部队在看到施琅逃走后就失去了抵抗的意志，大批地向明军投降，闽军水师抵达时，已经没有几个清军还在顽抗；东南的登陆场刚才是达素亲自在指挥，郑成功水师逼近时，达素已经没有让禁旅八旗全部登船的时间。在达素和黄梧撤退后，岸上还有近千禁旅八旗，他们成为了清军抵抗的中坚。
在这些禁旅八旗的督促下，这里的清军不肯轻易投降，而是在岸边据守、困兽犹斗。
面对清军的密集防守阵容，对面的明军也没有急于发动攻势，而是继续防守。随着周围海域上的清军舰船不断被继消灭，这些清军终于失去了所有获得解决的希望，在海上清军船只不断消失的同时，越来越多的明军水师开到清军背后，向海岸上摩肩接踵的清军阵型展开炮击。
前面被明军挡住，身后就是汪洋大海，清军完全没有躲避火炮的机会，只能呆在没有遮掩的海滩上，被明军的炮火狂轰滥炸。炮弹不停地撞进人群，每次都会响起连续的骨折声，这种白挨打的局面并没有持续太久，很快就有大批清军士兵因为无法忍受这种折磨，开始向明军的防线跑过去投降。
在天黑前，连禁旅八旗也失去了继续抵抗的勇气，他们中同样有上百人在明军的炮击中伤亡。见战局已经毫无希望，不可一世的禁旅八旗也派出使者，向明军请求投降，满洲八旗提出的要求就是免死——他们也知道郑成功未必会守信，但绝望的人总想抓住一根稻草。
刚刚又从厦门港赶到前线的郑成功同意了对方的要求，表示只要满洲八旗放下武器，他就会饶了这些人的姓命。
“父王真要放过他们吗？”等使者走后，郑经好奇地问道。
刚才郑泰送来了一份报告，他没能抓着黄梧或是达素，但截住了大批清军的船只。一批清军在走投无路的情况下，弃船逃上了金门岛，郑泰的部队随后赶到，把这些清军包围起来。为了尽可能地减少明军的损失，郑泰以不杀俘为条件，派使者去劝降。结果一部分清军选择了相信郑泰，放下武器向明军投降，这些俘虏不到一千人，其中二百是跟着达素一起来的禁旅八旗。等这些清兵放下武器后，郑泰就把他们都捆起来，然后统统扔进了海里。
“我当然会言而有信。”郑成功并不认为郑泰做的有什么不妥，在明清两军的观念里，处死俘虏不是什么大不了的事，大家都在这么干；至于毁诺一事，从上倒下都都认为是平常事，郑泰劝降成功帮助明军避免了伤亡，士兵们不但没有反感，反倒都认为郑泰手腕不错，
郑成功觉得自己身为郡王，在说话算数这个问题上应该比郑泰强一些才对：“等真鞑子投降后，就把他们双手斩断，耳朵切掉，然后送回泉州。”
虽然这些人都成了完全没有生活自理能力的残疾，但谁也不能说郑成功没有遵守诺言，等了大约半个时辰后，前去受降的明军军官返回报告，说剩下的清军全部交出了武器。至此，达素在厦门东南方向上登陆的一万多清军也全都成了明军的俘虏，其中还有二百多名满洲大兵。
郑成功正要下令行动，把投降的满洲兵都砍去双手，但他心里突然记起一事，导致已经到了郑成功嘴边的命令又被他咽了下去：“先都关起来吧，认真一点儿，不要把真鞑子都饿死了。”
把这二百多禁旅八旗都关押起来后，郑成功又下令准备一支舰队，把这些满洲八旗兵都送去舟山：“听说邓提督又一次攻打南京去了，这些真鞑子就让张尚书转交给邓提督吧。”
不久前郑成功通过清军控制区内的消息得知，邓名离开武昌后继续南下，已经攻破九江，控制了这个向长江下游进军的关键地区。看起来邓名的攻势不太可能到此为止，郑成功估计邓名可能是担心自己和张煌言忙于攻打台湾，没有对搔扰太用心，因此又一次自亲政江南。
刚才郑成功突然想起邓名在南京城下的处理办法，那就是把满洲兵卖给南京的地方官，郑成功觉得此举中收钱是幌子，释放满洲八旗影响他们的斗志才是邓名的主要目的。既然如此，郑成功就打算把这批俘虏也交给邓名去处置，这种类是献俘的工作即可以表示自己的敬意，也可以让邓名去决定取舍——郑成功并不打算重蹈覆辙。
“这不是有点太麻烦了吗？”郑经对邓名的身份也很清楚，不过他总觉得没有必要对邓名那么客气：“若是邓提督已经回去了，那俘虏又该着呢麽办？”
“若是邓提督已经离去了，那就归张尚书全权处置了。”郑成功已经想好，若是邓名的计划真是借此瓦解对方军心士气的话，那自己可以和邓名统一行动——再说此战消灭的满洲八旗也不少了，释放二百个人也不会有什么恶劣影响。
对于郑成功对邓名的态度，郑经实际也是有些意见的，觉得郑成功对一个实力远不如自己的宗室，没有必要啊这么客气。
“刚才我说的话，你还是没有听进去啊。”郑成功注意到儿子的不以为然，又叹了口气，幸好闽军还是由郑成功是说了算，虽然郑经对大明的态度有些微妙，但郑成功还不至于让这种思维影响到自己的决策和心态。
这批清军尽数投降后，厦门战役至此就告一段落，郑成功一战缴获了八千多匹战马，终于可以开始组建自己的骑兵队伍了：“本来我想攻打台湾的话，物资还是有些不足的。”
从南京返回后，郑成功对台湾就是念念不忘，可是他的兵力不太宽裕，担心自己若是率主力出发，厦门就会变得太过虚弱，给清廷乘虚偷袭的机会。如果在攻打台湾的过程中，传来厦门失守，家属和仓库全部被清军取得的消息的话，郑成功担心攻台的大军就会动摇。
但现在看起来郑成功不必担心这个问题了，靠着新缴获的装备，郑成功啊就能够在进攻台湾的时候不至于把厦门削弱得太厉害，而且经过这场大败后，清军短期内也绝对无法凑齐再次进攻厦门的兵力，这让郑成功获得了一段安全、可以进行自由活动的时间。而只要攻占台湾，郑成功就要把所有家属和壮丁都挪到台湾区，这样郑成功也就不用为了根据地的安危而不敢出兵东南了。
不久后又是一个新的好消息传来，施琅为了让把满洲大兵跑掉，宁可牺牲自己的战舰，现在行清军主力已经失去了，进入了防御阶段。郑成功知道这次清廷损失的船都是全国的水师主力，这让燕京在几年之内的都无法再聚集起一支规模相当的入侵舰队。
明军正在清点战利品的时候，吴六奇仍领着援兵在远离厦门的一处海湾内避风，之前吴六奇接到了总坛的檄文，也遵照达素的命令带着两广水师来厦门助战。但一直到围绕厦门的一些列水战、陆战都结束后，吴六奇的主力舰队仍没有抵达厦门海区域。
之前吴六奇已经把一些杂牌部队派去泉州了，让他们服从施琅，跟着一起出发，也答应了达素的号召。可吴六奇的心腹部队，缺完全没有派去参加今天的战斗。对吴六奇来说，若是清廷一方能够取胜，那他也不是完全没有出力——他派出了一部分粤兵。
“施琅和黄梧不知道怎么想的，居然敢去正面与郑成功交战，他们两个人都做了郑成功那么就的部下，难道就不懂的害怕吗？”施琅和黄梧的勇气让吴六奇感到相当惊讶，他和郑成功也打过不少次交道，发现自己海战完全不是延平郡王的对手，陆战也不行。
“郑逆去年在江宁大败，听说被梁化凤上几千水手就打垮了。”吴六奇身边的一个幕僚说道，他和吴六奇不同，认为还是有机会攻占厦门的。
“我敢肯定，击败郑逆的肯定不是梁化凤的几千水手，就是几万也未必够用，一定是朝廷集中了山东、河南等地的兵马，一起增援江宁，最后对上郑逆时能有好几倍的优势，郑逆一看一看，江宁是肯定打不下来了，所以还是退兵把。”和施琅与黄梧不同，吴六奇对南京之战有自己的看法，前者都亲口询问过南京一战的亲历者，所以在他们看来，郑成功的军队的战斗力发生了严重下滑；而吴六奇没有见到梁化凤的部队，认为郑成功的战斗力依旧和以前相差不多：“可这两个人把郑成功的撤退看成虚弱，竟然会想主动进攻厦门。”
把一部分杂牌部队派去泉州后，吴六奇就带着舰队缓缓向厦门前进，他并不打算参与到这场进攻中去：“黄梧和施琅加在一起也打不过郑成功，别说他们两个，就是再加上一个我也不行，这仗是先到先败、后倒后败，不到不败。”吴六奇对心腹们分析道，他不是刚刚投降清廷的，而且已经为清廷立下过很大的工作，所以不用急着去立功。
慢吞吞地走了一天，吴六奇也没有前进多久，天色刚开始变暗就下令宿营。
结果第二天一早，吴六奇就接到消息，知道清军无论是海战还是陆战，都被郑成功所击败，已经退回泉州去了。
“我早就知道？”吴六奇炫耀了一下自己的先见之明，就地向朝廷递上奏章，称自己独木难支，为了两广的安全考虑，必须立刻返回广州了。写好奏章之后，吴六奇立刻带着舰队踏上了回乡路，毫不犹豫地远离厦门而去。
……
厦门战役彻底告终时，邓名从卫士口中得知，漕运总督的秘使已经赶来镇江，现在正在营地外等候他的接见。