永乐二十二年，公元1424年七月十八日，六十五岁的朱棣在北征返京的途中病逝，英国公张辅、阁臣杨荣为了避免朱高煦、朱高燧趁机作乱，因此秘不发丧，将军中的漆器融成一口大棺材，将朱棣的遗体装入棺材中，每日还是照例进餐、请安，只是皇帝的车帘再也没有掀开，皇帝也再没有说话，军中一切如常，同时，派杨荣与太监海寿进京密报朱高炽。
朱高炽得知后，立即派儿子朱瞻基出京迎丧，由于大臣们的精心安排，总算没有爆发什么叛乱，政权得以平稳过渡。
朱高炽直到八月二十五日，才宣布永乐帝之死。
这时，传位的遗诏已经到达北.京。
朱高炽立刻与吏部尚书蹇义、大学士杨士奇和杨荣商量。
他下令加强京城的治安，并派大太监王贵通去南京任镇守。次日，他释放了前户部尚书夏元吉；夏因反对第三次远征蒙古而在当年四月被永乐帝囚禁。
九月七日，朱高炽正式登基，颁布了大赦令，并定次年为洪熙元年。
同一天，他采纳夏元吉的建议，取消了郑和预定的海上远航，取消了边境的茶、马贸易，并停派去云南和交趾的采办黄金和珍珠的使团。他重新命夏元吉和另一名被贬的官员吴中分别任户部尚书和工部尚书。
朱高炽以这些行动开始取消或调整他父亲的行政政策。
他即位后，开始了一系列改革。
首先，他赦免了建文帝旧臣和永乐时遭连坐流放边境的官员家属，并允许他们返回原处，又平反冤狱，使得许多冤案得以昭雪，如建文忠臣方孝孺的“诛十族”惨案，永乐朝解缙的冤案，都在这一时期得到平反，并恢复一些大臣的官爵，从而缓和了统治集团内部的矛盾。
其次，在朱高炽死前的一个月，他在扭转其父政策方面采取了一个最激烈的措施，即把京师迁回南京。据说此举是夏元吉和其他高级朝廷官员作为把资源从北方边境转移出来的策略的部分行动而强烈要求的。
朱高炽自他登基时起，显然已有此意；这时他已设南京守备，并派他信任的将军和宦官去指挥。
朱高炽对先帝侵略性的北征不感兴趣，也不喜欢北京；此外，他在南京当过监国，熟悉南京的情况，感到那里更为舒适。另外他还关心维持北方首都的费用，这项费用不但大大地增加了中国东南的负担，也使各政府部门难以应付。
洪熙元年，公元1425年四月十六日，朱高炽定北京所有政府部门为行在。半个月后，他派皇太子朱瞻基到南京去拜谒洪武帝的皇陵，并留在那里负责。尽管南京地区有地震的报告，但皇帝的返回和他朝廷的南迁势在必行。然而皇帝在实施这一行动前死去。此外，他的继承者宣德帝朱瞻基并未参与这一计划，宣德帝与永乐帝更亲近，对偏向北方的政策不那么讨厌。北京依然是京师，南京又成了辅助性的都城。
洪熙元年，公元1425年五月二十九日。朱高炽猝死于宫内钦安殿，终年四十七岁，死后被谥为孝昭皇帝，庙号仁宗。
朱高炽，虽然只做了一年的皇帝，但是，他确实对得起仁宗的庙号。
朱高炽登基未足一年，便“无疾骤崩”，其中必有缘由。但《明仁宗实录》、《明史·仁宗纪》等，都只字不提其死因。究竟朱高炽因何暴卒已成历史之谜，多年来人们对此有两种不同的看法：
一种观点认为，朱高炽死于嗜欲过度。朱高炽之贪欲好色人所共知，大臣李时勉在他即位不久就曾上一奏疏，其中有劝他谨嗜欲之语。仁宗看了奏折后，怒不可遏，当即令武士对李时勉动刑，李时勉险些丧命。直至垂危之际，他仍难忘此恨，说“时勉廷辱我”。由此可见，朱高炽确实纵欲无度，李时勉奏疏触及其痛处，否则不会如此耿耿于怀。
朱高炽因纵欲过度而得不治之症，在明人陆釴《病逸漫记》中有记述：“仁宗皇帝驾崩甚速，疑为雷震，又疑宫人欲毒张后，误中上。予尝遇雷太监，质之，云皆不然，盖阴症也。”“阴症”之说出自朱高炽时一太监之口，应当有一定的可信度。当时治疗此等“阴症”恐无特效良药，这使一些奸佞之徒有机可乘。对此，《明史·罗汝敬传》中曾有记载，“……先皇帝（仁宗）嗣统未及期月……献金石之方以致疾也。”由此看来，导致他死亡的直接原因，可能是服用治“阴症”的金石之方而中毒身亡。
也有学者通过对蛛丝马迹的考察，认为朱高炽是被其长子朱瞻基、即继他之后登位的宣宗害死的。
朱高炽生性温厚仁慈，嗜欲享乐，为此曾引起朱棣的不满。朱高炽长子朱瞻基却与其父相反，他善骑射，谙武事，热衷权利，工于计谋。
朱棣在世时，朱高炽即位，虽立朱瞻基为太子，但已察觉他非安分之辈，故屡有劝诫之语。可是，朱瞻基迫不及待地为自己早日登基筹谋，为此不顾亲情。
洪熙元年，公元1425年三月，朱高炽命朱瞻基南行祭陵。
朱瞻基于4月14日离京，随侍朱高炽的宦官海涛，是朱瞻基的亲信，他按预先密谋，5月13日加害朱高炽。朱瞻基离京后，却没有按既定日程行进，而是直奔南京。但在离开南京前，南京城中就有传言“仁宗上宾”。要知道，当时北京还未发丧，也无如今现代化的传播工具，可见朱高炽“上宾”是在一些人预料之中的。当时朱瞻基还说：“……予始至遽还，非众所测。”显示他有人们难以想象的重大安排。他匆匆北返，在途中等待奉诏而来的海涛，于6月3日抵达北京。一到北京，就有大臣劝诫：人心汹汹，不可掉以轻心。朱瞻基答曰：“天下神器非智力所能得，况祖宗有成命，孰敢萌邪心！”显示一切都在自己的掌握之中，流露出对弑父谋位活动的自信和自得。
当然，以上看法孰是孰非，现在还没有确凿的证据，不过，我始终不相信朱瞻基会弑父，因为，以朱高炽的仁厚，儿子决不至于弑父。我们通过朱瞻基的人性，也不可能弑父。
除了朱瞻基弑父的猜测的荒诞之外，雷击、中毒，过度纵欲、心脏病发作，这四种猜测是最有可能性的。
宫里有一名大太监报告说朱高炽是死于心脏病发作。
我们考虑到朱高炽的肥胖和足疾，这种说法更为可信。
朱高炽在位不到一年，有人对他的贡献提出了质疑，但是明成祖在位期间有大部分时间都在北征，朝中的政务一直是交给朱高炽来掌管，因此他有充分的时间来推行自己政策，为自己即位打下了良好的基础，如果加上这段时间，朱高炽对明朝做出的贡献就毋庸置疑了。
《明史》对他的赞是：“当靖难师起，仁宗以世子居守，全城济师。其后成祖乘舆，岁出北征，东宫监国，朝无废事。然中遘媒孽，濒于危疑者屡矣，而终以诚敬获全。善乎其告人曰“吾知尽子职而已，不知有谗人也”，是可为万世子臣之法矣。在位一载。用人行政，善不胜书。使天假之年，涵濡休养，德化之盛，岂不与文、景比隆哉！
他比起父亲朱棣来，多了建文帝那样的仁厚；而比起建文帝来，又多了务实，少了纸上谈兵。所以，由他这样的人统治下去，真是可以和汉文帝、汉景帝相提并论！
当年明月在《明朝那些事儿》里，对朱高炽也是充满了盛赞，尤其是他重用儒学的三杨，使得他死之后，仍然维持着稳定的政局。
有些人，当了几十年皇帝，可是，没有留下任何的赞誉；而朱高炽，虽然只当了短短一年不足的皇帝，但他用他的仁厚，在历史上，留下了美誉，所以，岂有憾焉！