果不其然，一山不容二虎，曹操与王允、吕布的矛盾在下半年彻底地爆发了。由于洛阳地区是曹操的地盘，吕布军的粮饷供应都由曹操提供，为了打压和削弱吕布，曹操只向吕布提供很少的钱粮，让吕布不但无法扩军，连养活已有部队都很艰难。在恼怒无奈之下，吕布纵兵抢掠百姓，曹操因此而有了名正言顺的理由对付吕布，双方不断地发生武装冲突。与此同时，王允也意识到曹操威势凌人，他在洛阳是人在屋檐下，因此，他秘密地联络一批朝中公卿大臣，试图像除掉董卓那样除掉曹操，没想到，曹操早有准备，设下“引蛇出洞”计谋，王允联络的公卿大臣里有人假意答应，回身便向曹操告密，成为曹操安插在王允身边的卧底。
卧底共有三人，一是司空荀爽（荀彧的六叔），二是黄门侍郎荀攸（荀彧的侄子），三是长史何颙。王允在长安时为了诛杀董卓，秘密地联络了尚书仆射士孙瑞、尚书郎杨赞（杨瓒）、侍中种辑、司空荀爽、黄门侍郎荀攸、侍御史郑泰、长史何颙等朝中大臣，这些人都是真心诚意地打算联合王允一起诛杀董卓的，如今，王允为诛杀曹操，再次联系这些人，他天真地认为，这些昔日战友既然当初会跟他一起诛杀董卓，眼下肯定也会跟他一起诛杀曹操，然而，他万万没想到，荀家根本不像他那样把曹操视为董卓第二，荀家人或把曹操视为主公（比如荀攸），或把曹操视为汉室救星（比如荀彧），或跟曹操和平相处（比如荀爽），荀家人自然回身便向曹操告发王允的密谋；至于何颙，更是非常欣赏曹操，曾断言道“汉室将亡，安定天下者必是曹操”如此，何颙又怎么会跟着王允诛杀曹操？自然是向曹操揭发举报了王允。
杨彪被王允视为志同道合者，并且王允、杨彪都与孔融、孔明关系亲密，王允想让杨彪联络孔融、孔明，请孔家父子从青鲁出动齐鲁军，联合吕布的部队一起讨伐曹操、夺取洛阳。杨彪联系上孔明，孔明得知后大吃一惊，他回复杨彪：“王大人这是被当初诛杀董贼的胜利冲昏头了！他以为曹操是第二个董贼并且跟董贼一样好杀？曹操可比董贼聪明、精明、高明得多！算计曹操等于找死！董贼只是一介莽夫，身边也没什么高明的谋士，曹操麾下则谋士如云，荀彧、荀攸、郭嘉、程昱、刘晔……这些人个个都是足智多谋的人精！此事必败！另外，天下不可没有曹操！还请杨公三思！”
杨彪思想复杂，他一方面非常忠于汉献帝、汉室，一方面又心知肚明汉室确实国运衰微、气数已尽、无法挽救，他只能在力所能及的范围内对汉献帝多多地尽到人臣之道，除此之外，他也赞同孔明的“天下不可没有曹操”的说法，他已经看出曹操“实乃乱世之奸雄”曹操四处征战不是为了匡扶汉室，而是为了自己的雄心抱负，但曹操确实可以扫清六合，让天下重新得到统一，让万民重新得到太平，因此，曹操虽然不是汉室忠臣，但天下不能没有曹操。
踌躇再三，杨彪询问孔明：“我该怎么办？”
孔明回道：“你委婉地劝阻王大人，如果他坚决要干这种作死的事，那你赶紧跟他划清界限以自保。还有，别联系我父亲，联系他也没用，我不同意发兵，那么他想发兵也发不了。”
杨彪十分无奈，他知道孔家完全就是孔明说了算。
在这件事中，杨彪保持中立，他既不支持王允、反对曹操，也不向曹操告密、出卖王允，对双方都是“非暴力，不合作”。在得知杨彪的“畏缩不前”和孔明“不愿参加”后，王允又惊又怒，气得痛斥杨彪和孔明“竟不愿再次为国除贼”“坐视曹操成为第二个祸国殃民的董卓”“竟与曹操一丘之貉”气昏头的他因此而急功近利、急于求成，其部署更是破绽百出。
当双方图穷匕首见时，早就布下天罗地网的曹操全面收网，把王允、吕布等人一网打尽。曹操一气呵成地使出了三板斧：
他的第一板斧是顺藤摸瓜地抓获了以王允为首的二十多密谋除掉他的公卿大臣，一口气处决了尚书仆射士孙瑞、尚书郎杨赞（杨瓒）、侍中种辑、散骑常侍杨烈、谏议大夫许圭、太子詹事董淮、左骁卫将军陈蒙、御史中丞杜干、右侍郎中尧骥等近二十名公卿大臣，一举重创了朝廷里的反曹势力。由于王允德高望重、名满天下，曹操投鼠忌器，没有公然地杀他，而是给他扣上一个欺君乱政的罪名，剥夺其一切官职并将其软禁在家中。一个多月后，曹操派人毒死王允，对外声称王允病故。——侍御史郑泰本来也是“王党”成员，但他弟弟郑浑正在孔明帐下负责农业水利事务，贡献重大、政绩斐然，得益于孔明的面子，他因此而幸免于难。孔明通过杨彪得知王允铁了心地要作死，索性“废物利用”“出卖”王允，告诉曹操：王允想联合我一起对付你，我怎么可能干出那种事？我坚定不移地支持曹叔你，同时，请曹叔你看在我的面子上，饶郑泰不死，把他逐出洛阳、赶到青鲁就可以了。曹操给了孔明这个面子。
他的第二板斧是釜底抽薪地夺取了王允、吕布的老巢长安。长安之战结束时，吕布派遣段煨、郝萌、曹性、魏越、高雅率军驻扎长安，五将里，郝萌性情贪财好色，曹操对症下药，以大批金玉珠宝和众多美女收买郝萌，郝萌因此而背叛吕布、投靠曹操。曹军攻打长安城时，郝萌打开城门迎接曹军入城。段煨、曹性经奋力拼死而逃出长安，魏越、高雅死于乱军之中。曹操夺得长安和关中，地盘、实力、势力进一步地扩大，还让吕布等人在这之后无处可去了。
他的第三板斧是关门打狗、逐个击破地消灭了徐荣部、击败了吕布部。徐荣部位于洛阳城外、八大关隘之内，吕布部位于八大关隘之外。曹操关闭洛阳城门和八大关隘，阻止徐荣、吕布合兵一处，对徐荣部进行关门打狗，一举剿灭徐荣部，徐荣只身脱逃，接着，曹操开城开关，主动出击，进攻吕布。吕布因为段煨部、徐荣部几乎同时被曹操剿灭，三部折损二部，仅剩一部，势单力孤的他自然不敌曹操，被曹操打得一败涂地，最终仅仅带着二三千名骑兵狼狈而逃，逃离洛阳，然而，由于长安已失，他无处可去，便在中原一带四处流窜成了流寇。
通过诛杀王允、击败并且逐走吕布，曹操得以真正地实现了“挟天子以令诸侯”同时，他的实力和势力也因此而得以大增，几乎整个司州、大半个兖州、半个豫州都成了他的地盘，取代王允成为录尚书事，掌控天子、把持朝政、大权独揽，雄踞中原、虎视四方、威震天下。
“大势所趋啊！”在得知洛阳、长安事变后，孔明叹息一声，王允还是死了，虽然不是死于李傕、郭汜之手，而是死于曹操之手，但都是死了，挟天子以令诸侯还是被曹操实现了，虽然费了一番周折，但都是实现了，至于吕布，还是成了流浪汉了。过程变了，但结果没变。
很值得一提的是，曹操之所以跟吕布开战，除了政治原因，两人还有一个矛盾点：貂蝉。
吕布的原配妻子叫魏氏，是其部下健将魏续的妹妹，但魏氏跟吕布结婚没多久就病逝了，也未留下一儿半女，随后，吕布续娶了严氏，二人生有一女，接着，吕布在王允施行美人计、连环计后纳王允义女貂蝉为妾。吕布是天下第一猛将，貂蝉是天下第一美女，二人倒也般配，吕布对貂蝉更是宠爱无比。汉献帝东返时，吕布带着家眷一起从长安迁去洛阳，在得知李肃、杨奉发动叛乱、割据长安后，他急匆匆地率军回头前去讨伐，让徐荣保护汉献帝、王允等人以及严氏、貂蝉、女儿继续前往洛阳。汉献帝、王允等人进入洛阳城后落入了曹操的掌控中，自然而然，严氏、貂蝉、吕布女儿也落入了曹操的操控中。曹操知道王允“用义女貂蝉色诱吕布令其诛杀董卓”的事情，使得他对貂蝉充满好奇，一见之后，当即为之痴迷不已。如今，曹操成功地击败了、逐走了吕布，貂蝉自然归他所有了，在吕布被打跑的当晚，他就把貂蝉接进了曹府——貂蝉本来不肯，严氏哭求她“你若不去，你也许不死，但我母女二人必死矣，况且，将军（吕布）神勇无比，早晚打败曹贼，我三人届时便能与将军重逢再见矣”貂蝉因此而同意被曹操接进曹府。在貂蝉的请求下，曹操没有为难严氏母女，在洛阳城中划出了一处小宅院专供严氏母女居住并且每月都供给钱粮物资。