在消灭了南中境内的汉人豪强势力后，汉东军从容不迫地开始扫荡南中境内的土著蛮人势力，先后攻灭了顽抗的金环三结洞主、秃龙洞洞主朵思大王、八纳洞洞主木鹿大王等多名蛮酋，收服了银冶洞洞主杨锋、董荼那洞主、阿会喃洞主等多名蛮酋，最终平定和占领南中。
汉东军为平定占领南中而折损了四千余名官兵，包括中级军官孙轻、王当、白绕，其中，半数以上都是生病和遭到意外而死，孙轻因被毒蛇咬中而不幸中毒身亡，王当因被木鹿大王部下毒箭射中而不幸中毒身亡，孙轻因不慎失足摔下悬崖而不幸身亡。
此战中，有几个细节值得一提：
汉东军在与木鹿大王交战时，木鹿大王座下骑着大象，驱逐大批的虎豹豺狼攻击汉东军，汉东军早有防备，使用火药弹、火药弹攻击木鹿大王的“野兽部队”，导致木鹿大王部陷入兵败如山倒的大混乱、大溃败中，木鹿大王本人从大象上坠落，继而被受惊失控的大象踩死；
汉东军在攻打朵思大王途中遇到四种毒泉，一曰哑泉，人喝下去无法说话，几天后必死；二曰灭泉，水温沸腾，人若落入其中，立刻皮肉皆烂、化为骨架，三曰黑泉，人若碰到泉水，立刻手足发黑而死，四曰柔泉，水温冰凉，人喝下去立刻身体软瘫而死。孔明对此胸有成竹，所谓“哑泉”，就是富含大量硫酸铜的泉水，人喝下去就会中毒，继而神志不明、说话不清、呕吐腹泻，最终痉挛抽搐而死；所谓“灭泉”，就是水温很高的天然温泉；所谓“黑泉”、“柔泉”，都是水中含有天然有毒矿物质或者泉水底部存在天然裂缝，泄露喷出地底毒气的泉水。汉东军掌握着科学知识，自然不会被这四种毒泉所阻扰；
汉东军在攻占位于南中地区西南部的永昌郡后，遭到乌戈国国主兀突骨的藤甲兵部队的攻袭。祝融洞主试图说服兀突骨归降孔明，遭到兀突骨的拒绝，汉东军不得不迎战兀突骨的藤甲兵部队，先用霹雳车抛射了一大堆的火油弹，再火箭齐发，烧死烧伤不计其数的乌戈国藤甲兵，兀突骨本人也死于乱军火场之中——汉东军太清楚藤甲兵的弱点了——乌戈国至此土崩瓦解、不复存在，幸存者基本上归顺汉东。
用了三四个月的时间，汉东军平定了并且占领了南中即益州南部六郡四十四县，收服了当地汉蛮居民约50万人。
孔明随即下令：南蛮人跟汉人一样都是华夏同胞，“蛮”字具有歧视之意，南蛮人从此改为“彝人”（彝族），“彝”字原意是盛酒工具、宗庙祭器，该字结构很好，有屋顶、有米、有丝、有车子，可以引申为“有房住、有饭吃、有衣穿、有车坐”的美好意思，寄托了孔明希望彝族人民从此过上丰衣足食的美好生活的祝福；至于南中即益州南部6郡45县，孔明向天子申请，把南中地区划出益州，另设为“丰州”，取“丰”为新州名寓意着“丰衣足食”。
臧洪等将在完成平定和占领南中后，根据孔明的命令又干了两件重要的事，一是以南中为基础，向南、向西继续开拓，陆续进取了大约30万平方公里的新土地（基本上都是荒无人烟的热带原始森林），先后增设5个新县，使得丰州的郡县数量扩为6郡50县，土地面积也扩为100多万平方公里；
第二件大事是把归顺了孔明的祝融洞主、带来洞主、沙摩柯、高定、杨锋洞主、董荼那、阿会喃等一干汉蛮首脑人物请到一起，进行盛宴款待，同时邀请他们观看汉东军的军事操练。众首领无不看得心惊胆战，纷纷下定决心：从此之后死心塌地地跟着孔明混，千万不能反他，跟着孔明混有肉吃，反他就是找死。
为了安抚、稳定、拉拢广大彝民的人心，孔明在南中之战结束后正式迎娶祝融儿，为她新建一栋“鹿鸣园”给她居住——迎娶祝融儿是孔明第六次结婚，这种行为放在后世属于不折不扣的犯罪，但在眼下，出于众所周知的原因，则是合法的，孔明在其治下不反对男子多娶，但一个男子想要再娶妻妾，前提是：他本人愿意、女方愿意、得到已娶的妻妾的同意。比如，一个男子原本娶了一个妻子，他现在若想娶第二个妻或纳妾，他必须得到妻子的同意；一个男子原本已娶三个妻妾，他现在若想娶第四个妻妾，他必须得到那三个妻妾的一致同意。女人嘛，多多少少都是吃醋的，妻妾越多，再娶就越困难，因为很难获得众妻妾的一致同意，如此，可以杜绝男人说了算的“大男子主义”。
随着丰州的成立，大汉的州数增至16个：司、豫、兖、冀、并、幽、凉、青、徐、交、扬、荆、益、平、辽、丰，其中，青、徐、交、平、辽、丰六州在孔明的手里，合称“汉东六州”，汉东六州的人口数量达到2600多万，土地面积达到350多万平方公里，下辖38郡325县——因为孔明不断地对外开疆拓土，大汉（东汉）的领土面积已经从黄巾之乱时的约580万平方公里增为约730万平方公里。
孔明占领南中、设立丰州，毫无疑问地触动了刘璋以及刘璋背后的刘备的利益，一下子，益州十二郡少了一半，12郡114县只剩下益州北部6郡69县，分为属于刘备的东川二郡（汉中郡、巴郡）23县、属于刘璋的西川四郡（蜀郡、巴东郡、巴西郡、广汉郡）46县，不过，刘璋对失去益州南部六郡（南中）倒不是很心疼，益南面积虽占益州总面积70%多，但都是穷山恶水，益南人口只有区区50万左右并且大部分是南蛮人，益北人口则高达300万左右并且基本上都是汉民，简而概之，益南六郡虽然地方很大，但又穷又弱并且人口稀少，食之无肉，弃之不可惜，丢了反而等于甩掉了一个大包袱，刘璋只是恐惧来自孔明的威胁。孔明占领南中、设立丰州，如此，他的地盘就跟刘璋的地盘直接接壤了，这个情况让他不得不慌。
当汉东军横扫南中时，接到消息的刘璋急忙召集部下进行商议，有人认为应该援助南蛮，有人认为应该坐山观虎斗，汉东军是外敌，南蛮是内患，都不是好东西，有人认为如果西川军打算援助南蛮，恐怕不是汉东军的对手，应该邀请刘备军前去南中增援南蛮，有人表示反对，认为刘备军想要前去南中，必须经过西川四郡，俗语有云“请神容易送神难”，万一刘备军在进入西川四郡境内后直接不走了，从而造成弄巧成拙、引狼入室的事实，到时候，怎么办？
众部下各执一词、吵吵嚷嚷，使得缺乏主见、优柔寡断的刘璋陷入了迟迟的举棋不定中，他派人联系刘备，征询刘备的意思，刘备一方面忙着消化东川二郡、接纳马腾和马超的残部，一方面忙着防备江东、应付孙坚，可谓分身乏术、爱莫能助，既无力、也无暇顾及南中战事。
由于得不到刘备的援助，向来性格懦弱的刘璋只得派人联系孔明，向孔明送上一些礼物，探查孔明的口风。刘璋非常害怕孔明在吞并益南六郡后会挥师北上，把益北六郡也给吞并了，结果，他得知孔明只想占领益南，对益北没兴趣，顿时，他如释重负，再次向孔明送去礼物。
“益南六郡没了就没了吧，反正也不可惜，只要益北六郡没事就好。”刘璋自我安慰道。
刘璋主簿黄权进言道：“主公，益南虽然荒僻穷弱，但是，没了益南，益北岂不是唇亡齿寒？我们怎么可以坐视孔明侵占益南而无动于衷？”
刘璋道：“玄德刚刚剿灭了张鲁，兵马疲惫、钱粮紧张，又要面临北边的曹操、东边的孙坚的联合威逼，他实在是分身乏术呀，无法帮助我们守住益南，如果只靠我们自己的兵马，怎么打得过孔明的汉东军？我们连张鲁都打不过，还想打孔明的汉东军？岂不是白白送死？况且，孔明已经说了，他只要得到益南，不会动益北分毫的。”
黄权道：“主公啊，你怎么可以相信孔明的一面之词呢？”
刘璋道：“我向来看人很准的，当初，我邀请玄德入川助战，你们一个个都是坚定反对，认为刘备来意不善，结果呢？刘备的兵马从未踏入西川，看看，还是我的判断才是正确的吧？至于孔明，也是一样的。孔明别的方面我们先不谈，但在信誉口碑上，他确实是说一不二的。”
黄权无言以对、无可奈何。
刘璋确实“看人很准”，因为孔明确实只占了益州南部六郡，没有动益州北部六郡分毫。
在汉东军攻伐南中的战事期间，刘璋没有进行任何阻扰，刘备对此鞭长莫及、有心无力。
曹操的大兵压境、孙坚的咄咄进逼以及孔明攻取南中之举，都使得刘璋愈发依赖刘备了。