袁方新招的五百家兵还未赶到遵化，朱由俭的裁军圣旨就到了袁方的案台上。
主要是裁撤蓟、密、永三协的兵，由蓟辽总督刘策和顺天巡抚袁方来负责这项工作。
蓟门、密云、永平的兵力加起来共有十一万之多，朱由检要求裁撤三万三千人，袁方手上的三万兵必须裁掉九千人。
袁方想不执行都不行，因为圣旨写得很清楚，蓟密永三协的总兵额高达十一万，本折岁耗达九十一万，朱由检要求岁耗减少到六十万，你不裁撤也得裁。
袁方让茅元仪先拿出个裁撤的方案来，茅元仪也不含糊，两天后就把裁撤方案放在了袁方案台上。
茅元仪的方案：遵化裁撤二千，三屯营裁撤二千，其余各处裁撤五千。
袁方认为边关要塞不能裁撤太多，应该保持一定的战斗力，所以他把遵化和三屯营改为三千，边关要塞只裁撤三千。
这样，遵化的兵力只有五千，三屯营只有四千，边塞的兵力保存了一万二千人。
茅元仪担心道：“袁公子，遵化城只有五千兵士，这点人马守城是远远不够的。”
袁方道：“止生，裁撤下来的三千人不遣散，我们把他们留下来组建预备队，这样我们实则还是八千人在守城。”
茅元仪问：“这裁撤下来的三千的饷银又如何解决？”
袁方道：“我可以想办法，你就放心地去安排做就是了。”
袁方都这样说了，茅元仪便不再有异议，他拿起袁方修改过的方案去准备了。
过了两天，蓟辽督师王之臣又把袁方请去了山海关，这一次是出了大事，宁远发生了兵变。
这真是一件大事，袁方马不停蹄地赶到山海关，王之臣也是心急，不等袁方在山海关歇脚，拉着他上了自己的马车就往宁远飞奔。
在马车上，王之臣告诉袁方，由于欠饷，宁远有上万名兵士，在有心人的撺掇和煽动下，纷纷冲出营门，抢掠街市，最后发展到冲击宁远总兵府衙门，把辽东巡抚毕自肃和总兵朱梅抓了起来逼饷。
袁方联想到历史上的宁远兵变，是由从四川、湖广调来的部队发起，主要将领是杨正朝和张思顺。他们先秘密串联，再集中到广武营，会盟歃血，率先兵变。紧接着，其余十三营起而响应。哗变的官兵冲进巡抚衙门，将辽东巡抚毕自肃、总兵官朱梅、通判张世荣、推官苏涵淳从衙门里拉出来，捆与鼓楼之上，对他们逼迫发饷。
毕自肃银库里的确没有银子，一时难以给官兵发饷。
哗变官兵情绪激烈，局面已经失控，他们对毕自肃手捶棍打，毕自肃被打得满脸流血，伤势严重。
好在兵备副使郭广赶来。他一边用身体保护毕自肃，一边同哗变官兵谈判。
谈判的结果是尽快向官兵发放拖欠的兵饷。
郭广想尽了办法筹集到二万两银子发给官兵，哗变官兵嫌少不答应，事件还是不能平息。
他又向商民借贷三万两银子分发给哗变的官兵。
哗变官兵情绪这才稍稍缓和，并且把毕自肃等人放了，混乱局面得以平息。
而发生了这样的事情之后，毕自肃觉得自己堂堂三榜进士出身、官居辽东巡抚职位，却被一群乱兵捆绑殴打数日，受此奇耻大辱，无颜面对朝廷，无颜面对同僚，于是在自己的官衙内上吊自杀了。
想到这里，袁方不禁担心起现在的毕自肃来，他催促马夫行快一点，早一点赶到宁远，毕自肃的生命就有获救的希望。
然而，当他们赶到中左所的时候，就得到了毕自肃上吊自杀的消息，袁方他们还是晚了一步。
他们快马加鞭地赶到了宁远，王之臣和袁方连总督府衙门都没进，直接就奔着军营去了。
此时的军营，已彻底失去控制，当官的都不敢进来了，袁方走在最前面目视两旁的兵士，他们被袁方的气势所镇住，纷纷向后退让，分开了一条路让袁方一行人进入。
袁方领着王之臣走上将台，王之臣连忙向兵士们宣读了皇帝的谕令，宣读完毕就叫兵士们各自回营。
“下一步我们怎么办？”
人群散去之后，王之臣问袁方。
袁方道：“先把带头的抓起来，然后再宣布只惩治首恶，余者不纠。此后便可相安无事。”
此后王之臣照做，先是让人把杨正朝、张思顺二人抓了起来。
王之臣又是诱惑又是逼供，很快就从这二人这里把其他人都供了出来，他们是田汝栋、舒朝兰、徐子明、罗胜、贾朝吹、刘朝、奇大邹、滕朝化、王显用、彭世隆、宋守志、王明、宋仲义、李友仁和张文元，总共十五名军官。
王之臣当众宣布这十五人的死刑，并立即斩首。
杨正朝、张思顺举报有功得以宽大。
王之臣没有食言，当众宣布其他参与此事的兵士无罪。
这次兵变不是所有部队都参与进来了，被马世龙、何可纲所掌控的中军不但没有参与，而且还一直处于警戒的状态，以防鞑子的突袭。
王之臣把在这次事件中严重失职的中军部将吴国琦杀掉了，以警示后人。
事件处理的结果与历史上基本吻合，兵变平息，袁方也没有必要再留在宁远，等王之臣留下来处理后面的事情，他先行返回了遵化。
这次兵变看似轻轻松松就这样解决了，其效应却是深远的。
这次兵变平息得很快，快刀斩乱麻地杀了十几个人，其余的人都不再追究。这种处理模式，导致以后大明军队中闹饷兵变事件层出不穷。
而第一个效果显著，指的是兵乱平息的很快，这个结果很显著，袁崇焕一到宁远，只是杀了十几个小兵，兵乱马上就平息了。
第二个效果显著则是，从今往后大明官军之中闹饷哗变的事情，从此层出不穷。更为难料的结果是，到了崇祯末年，听调不听宣的骄兵悍将到处都是，就连袁方也独树一帜，闹起来独立。
这一结果袁方现在是想不到了，没想到他出的主意为自己以后的起事创造了有利的条件。